En agosto de 2006, Audi presentó la segunda generación del S3. Disponible en carrocerías de tres y cinco puertas, la segunda generación -Tipo 8P-S3- está propulsada por un motor de gasolina FSI turboalimentado de 2,0 litros, modificado y potenciado, con una potencia máxima de 265 CV (195 kW). Como en todos los modelos S de Audi, el diseño es obra de quattro GmbH. El motor cuenta con pistones de alto rendimiento mejorados, una cartografía de sobrealimentación/combustible revisada, un turbocompresor de mayor tamaño (KKK K04) y un intercooler más grande. La forma más potente de este motor y la tracción integral quattro permiten un 0-100 km/h de 5,5 segundos y una velocidad máxima limitada electrónicamente a 250 km/h. Audi ofrece con el S3 tanto el cambio manual de seis velocidades como el automático S-Tronic de seis marchas.

Se revisaron los tarados de los muelles y los amortiguadores, así como el kit de carrocería. Al igual que su predecesor, aunque con la denominación "Quattro", el S3 no emplea un diferencial central Torsen (como en otros modelos Quattro comunes), sino que utiliza el sistema sueco Haldex Traction en su transmisión de tracción a las cuatro ruedas a petición, debido a la disposición transversal del motor.

Renovación 2008
Audi introdujo una serie de cambios en el A3 y el S3 en 2008. Entre ellos se incluyen un diseño revisado del morro y la cola,...